История Свято-Стефановского храма берет свое начало с XIV века, когда на месте языческой кумирницы поселян Пыраса проповедник Стефан Пермский выстроил православную деревянную часовню. С увеличением числа поселян маловместимую часовню разобрали, а на ее месте возвели деревянную церковь. В ней устроили два престола. Один — во имя святителя Николая Чудотворца, а второй — во имя архидиакона Стефана. Храм именовали Святониколаевским.
В середине XVII века рядом со Святониколаевской церковью прихожане обнаружили явленную икону Владимирской Божьей Матери . На месте находки поставили деревянную шатровую церковь во имя явленной иконы Владимирской Божьей Матери, а прирубленный к церкви придел освятили во имя Святого Стефана Великопермского. Образовавшийся приход получил название Котласского Стефановского.
3 августа 1776 года после вечернего богослужения во время грозы церковь загорелась от попадания молнии. Из горящего помещения удалось вынести только часть икон. В первую очередь явленную икону Владимирской Божьей Матери.
В 1785 году было закончено строительство каменного храма в честь Владимирской иконы Божией Матери с Никольским приделом и имя Святого Первомученика и архидиакона Стефана, а ветхий Стефанониколаевский храм был разобран.
В 1825 году на месте разобранного Свято-Николаевского храма прихожане под руководством местного крестьянина Льва Трофимовича Беляева начали строить каменную холодную церковь, «оканчившуюся кверху колокольней». Ее освятили 8 декабря 1829 года во имя святителя Стефана епископа Пермского.
5 сентября 1920 года Котласский совет заключил с общиной верующих договор, на основании которого общине от государства передавались по описи церковное имущество и утварь.
В июне 1928 года были попытки разобрать ограду на кирпич, а в начале 1931 года горисполком обратился к общине верующих с требованием освободить один из действующих храмов и три угловых флигеля в ограде.
В период 1932-1937 гг. в храмах разместили мельницу и маслозавод. Священников выслали из Котласа. 6 ноября 1937 диакон Иван Трубачев был расстрелян
После войны в связи многочисленными просьбами передать храм верующим было принято решение о передаче храмов общине. 14 сентября 1947 на должность настоятеля Котласского Стефановского прихода епископ Архангельский и Холмогорский Леонтий назначил священника Владимира Жохова. Было решено сначала отреставрировать Стефановский храм.
В 1948 году из закрытой Вондокурской церкви в Свято-Стефановский храм был привезен иконостас (собственный иконостас был уничтожен еще в 1931 году). Начались богослужения.
На сегодняшний день на территории Свято-Стефановского храма активно ведутся ремонтно-реставрационные работы. По благословению епископа Котласского и Вельского Василия в нижнем храме в честь свт. Николая Чудотворца совершен капитальный ремонт. Также проходят реставрационные работы у храма-колокольни в честь свт. Стефана Пермского.
Летом 2014 года на территории Свято-Стефановского храма начались строительные работы по возведение духовно-просветительского центра, а 18 апреля 2015 года епископ Котласский и Вельский Василий совершил освящение духовно-просветительского центра во имя свт. Стефана Великопермского.